Desde 2015, o Hospital de Clínicas de Carazinho é parceiro da faculdade de Medicina da Universidade Federal da Fronteira Sul - UFFS no processo de formação de médicos especialistas. Juntas, as instituições desenvolvem o programa de Residência Médica em Clínica Médica.
Através do programa, o HCC disponibiliza seu campo de prática para que os profissionais aperfeiçoem seus conhecimentos, com a preceptoria dos médicos do seu corpo clínico. Durante dois anos, os residentes cumprem uma jornada de 60 horas semanais no hospital, realizando atividades diversas, em todos os setores.
O médico coordenador do programa de Residência Médica da Instituição é o Dr. Darlan Martins Lara e o supervisor da especialização em Clínica Médica é o Dr. Gerson Urnau. A preceptoria da residência conta, também, com o conhecimento profissional dos médicos: Dr. Luciano Alt, Dra. Adriana Rahman, Dr. Wernher Schwambach, Dra. Silvia Senger, Dra. Monica Muller, Dr. Silvano Pauletti de Moura, Dra. Roselei Graebin, Dra Isabel Rockembach e Dra. Bruna Medeiros.
Além disso, em 2016, as instituições aprovaram, junto aos órgãos competentes, a implantação de uma nova especialização: o programa de Residência Médica em Cirurgia Geral.